Call us  +49(0)201-1834053

University of Duisburg and Essen, Aquatic Ecosystems Research Group, Universitätsstr. 5, D-45141 Essen, Germany

Neue Veröffentlichung: RAD-seq

In einer Sonderausgabe der Zeitschrift „The Biological Bulletin“ mit dem Titel „Discovering Diversity with High-Throughput Approaches” ist eine neue Forschungsarbeit erschienen.  Hauptautorin Hannah Schweyen und Letztautor Florian Leese sind Mitglieder des GeneStream Teams. Die Arbeit ist zusammen mit Andrey Rozenberg entstanden ist, der ebenfalls Mitarbeiter des Lehrstuhls für Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere ist.

Die Veröffentlichung beschreibt ein neues Verfahren, um PCR Duplikate in der ddRAD-Sequenzierung (eine moderne Anwendung von Hochdurchsatz-Sequenzierverfahren zur Analyse Genom-weiter Sequenzvariationen) zu identifizieren. Dies wird mit Hilfe eines kurzen zusätzlichen Fragments erreicht, das Teil des Sequenzieradapter ist und aus eine hochvariable Basenabfolge besteht. Durch die Identifizierung der PCR Duplikaten wird die Datenanalyse weniger von Laborartefakte beeinflusst.

Schweyen, H., Rozenberg, A. & Leese, F. (2014). Detection and Removal of PCR Duplicates in Population Genomic ddRAD Studies by Addition of a Degenerate Base Region (DBR) in Sequencing Adapters. The Biological Bulletin, 227, 146-160. CLICK TO ACCESS

Paper

Hinterlasse eine Antwort

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind markiert *

Du kannst folgende HTML-Tags benutzen: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>