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University of Duisburg and Essen, Aquatic Ecosystems Research Group, Universitätsstr. 5, D-45141 Essen, Germany

6th International Barcode of Life Conference

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Arne Beerman und Vasco Elbrecht haben auf der 6. Internationalen Barcode of Life Konference (iBOL)  in Guelph (Kanada) aktuelle Forschungsergebnisse vorgestellt. Arne Beerman hat in einem Vortrag morphologische Bestimmungen von Makroinvertebraten mit den Ergebnissen DNA-basierter Einteilungen verglichen und den aktuellen Stand der GeneStream-Referenzdatenbanken vorgestellt (Kooperation mit dem German Barcode of Life Project, GBOL). Vasco Elbrecht hat in einem […]

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Neue Publikation

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Wir freuen uns über eine neue Publikation von Vasco und Florian. Im der bei PLOS ONE erschienenen Studie konnten wir mit einem innovativem Laborprotokoll zeigen, dass Invertebraten über das neue DNA-Metabarcoding Verfahren sicher detektiert werden können, jedoch eine Aussage über die Häufigkeit der in der Probe vertretenen Taxa schwierig ist. Weitere Informationen gibt es in der Pressemeldung der Ruhr-Universität oder direkt bei […]

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Laborzuwachs: Gewebehomogenisator für Metabarcoding

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Mit der  DNA-Metabarcoding Technik können hunderte Individuen in Invertebratenproben auf einmal auf Artlevel bestimmt werden. Diese molekulare Methode besitzt großes Potenzial für die Gewässerbewertung. Wir konnten bereits zeigen, dass die Homogenisation des Gewebes besonders wichtig ist. Für unsere zukünftigen Proben haben wir daher einen neuen Gewebe-Homogenisator für das Labor angeschafft, welcher die Bearbeitung der Proben […]

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Besuch bei Andres Aguilar (California State University)

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Letzten Montag hat Vasco Andres Aguilar von der California State University besucht, um eDNA Methoden zum Erkennen von invasiven Arten sowie Metabacoding zu diskutieren. Wir bedanken uns bei Andy für die interessanten Gespräche und Gastfreundschaft, so wie bei der RUB Research School für die Finanzierung des Aufenthalts. Foto 1: Blick ins molekulare labor in dem Andy und […]

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SWS meeting 2015!

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Auch auf der SWS Konferenz 2015 (Providence, Rhode Island, US) haben wir unsere Ergebnisse vorgestellt. Vasco hatte zudem die Gelegenheit sich vor allem mit Kollegen von der Universität Guelph über aktuelle Metabarcoding- Vorhaben und Ergebnisse auszutauschen. Wir bedanken uns bei der Rub Research School Plus für die Finanzierung dieses Aufenthalts. Video: Die auf der Konferenz vorgestellten Inhalte sind in […]

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Crashkurs in Science Communication

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Wissenschaftsergebnisse zu kommunizieren ist eine wichtige Sache. Vasco Elbrecht hat sich mit Eric Francavilla getroffen, um mehr über Wissenschaftskommunikation zu lernen. Eric Francavilla arbeitet mit einer Vielzahl von Wissenschaftlern des Pacific Northwest National Laboratory in Richland, Washington zusammen, und fungiert als Schnittstelle zwischen den öffentlichen Medien und Wissenschaftlern. Genau wie das GeneStream-Team, produziert er eine Vielzahl von YouTube […]

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SFS 2015 meeting, USA

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Vasco Elbrecht hat die aktuellen Metabarcoding Ergebnisse auf der Jahrestagung der Society for Freshwater Sciences (SFS 2015) in Milwaukee (USA) vorgestellt. Unsere Experimente zeigen, dass DNA-basierte Methoden grundsätzlich zur Gewässerbewertung geeignet sind, jedoch keine Taxa Abundanzen generieren können. Die Daten wurden bei der Zeitschrift PLOS ONE zur Publikation akzeptiert, sind aber schon jetzt als PrePrint […]

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Weiteres Steinfliegen-Mitogenom veröffentlicht!

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Wir freuen uns, ein weiteres Steinfliegen-Mitogenom veröffentlicht zu haben. Wir haben das mitochondriale Genom der Steinfliege Mesocapnia arizonensis aus bereits in Datenbanken hinterlegten Illumina-Sequenzen zusammengebaut. Das PDF zu dieser Publikation ist hier auf ResearchGate kostenlos erhältlich.

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Metabarcoding: Proben aus Finnland angekommen!

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In Zusammenarbeit mit unserem Projektpartner Kristian Meissner vom Finnischen Umweltinstitut SYKE werden wir bald den ersten großen Metabacoding Test staten, in dem wir die Invertebraten-Gemeinschaften von 30 finnischen Gewässern mit DNA-basierten Methoden charakterisieren. Die dazu benötigenden Proben sind diese Woche angekommen und werden innerhalb der nächsten Wochen im Labor bearbeitet. Foto 1: Über 30 Einzelproben stehen nun […]

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eLearning Preis gewonnen!

5x5000 Preis

Wir freuen uns, dass das eLearning Projekt „Blended Genome“  von Vasco Elbrecht und Florian Leese die studentische Jury des 5×5000 Wettbewerbs überzeugen konnte und nun mit 5000 € gefördert wird. In Online-Videotutorials und weiteren „hands-on“-Übungen an der Universität vermitteln wir den Umgang mit Next-Generation-Sequencing-Daten. Die ersten Videos stehen auf YouTube bereits zur Verfügung. Foto: Die Preisträger vom […]

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Zeitraffer-Videos als Playlist

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Auf unserem neuen offiziellen GeneStream YouTube Channel, sind nun alle Zeitraffer Aufnahmen vom Mesokosmos Experiment am Breitenbach verfügbar. Das neue Experiment ist bereits in Planung. Wir werden auch in diesem Jahr wieder neue Videos zu aktuellen Projekten veröffentlichen.  

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Fotoshooting: Metabarcoding

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Letzte Woche haben wir unsere Fließgewässertiere unkonventionell „in Szene“ gesetzt: Für die in Kürze anstehende Veröffentlichung unserer Metabarcoding-Ergebnisse wollen wir uns um das Cover Bild auf dem entsprechenden Journal bewerben. Dafür haben wir den ersten Schritt der Laborarbeit mit den Organismen – die Vorbereitung für die Homogenisation in flüssigem Stickstoff – fotografiert. Ein Beispiel ist […]

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Zweite MiSeq Sequenzierung erfolgreich!

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Der zweite Sequenzierungslauf ist nun abgeschlossen. Wir testen in wie weit wir verschiedene Arten mit unserer entwickelten Methode sicher detektieren können. Die Laborarbeiten sind nun weitgehend abgeschlossen und die Daten werden über die nächsten Monate analysiert. Wir Planen die Ergebnisse gegen Ende des Jahres zu publizieren. Wir haben außerdem ein timelapse video zur Laborarbeit produziert. Abbildung […]

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Video: DNA Extraktion

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In diesem Video zeigen wir, wie die Proben verschiedenster Gewässertiere im Labor homogenisiert werden und wie aus diesen zusammen die DNA für das Metabarcoding gewonnen wird. Sobald das Gewebe zu einem feinen Pulver zermahlen ist, kann es weiter bearbeitet werden, um die DNA zu extrahieren. Anhand der DNA kann eine eindeutige Zuordnung der Arten erfolgen, sobald […]

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2. Metabarcoding die 2te

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Nachdem der erste Community Barcoding Versuch bereits geklappt hat und die Daten sehr vielversprechend aussehen, haben nun die Vorbereitungen für den zweiten Sequenzierungslauf begonnen. In diesem schauen wir, inwiefern wir die DNA von verschiedenen Arten in den Sequenzen wiederfinden wenn wir diese gemeinsam extrahieren. Dies ist wichtig, damit unsere Methode in großem Maßstab zur Identifizierung […]

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Neues Video zum Feldexperiment 2014!

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Dieses Jahr haben wir unser Feldexperiment am Felderbach (Elfringhauser Schweiz, nahe Hattingen) aufgebaut. In diesem Video zeigen wir, wie wir die Fließrinnen vorbereitet haben, um den Lebensraum des Flusses  standardisiert aber gleichzeitig naturgetreu nachzubilden, so dass Insekten und andere Organismen die Rinnen besiedeln können. Foto 1: Alle Experimentalrinnen wurden mit der gleichen Menge Substrat gefüllt. […]

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MiSeq Sequenzierung klappt!

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Heute haben wir die ersten Sequenzen zum community barcoding erhalten. Mit einem MiSeq Sequenzierer haben wir über 32 Millionen Sequenzen generieren können. Nun werden wir die 20 GB Daten über die nächsten Wochen zu analysieren Und anschließend die Technik im großen Maßstab anwenden. Foto 1: Ein erster Blick auf die Sequenzen zeigt, dass diese von […]

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Laborarbeit begonnen!

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In der vergangenen Woche haben die ersten Metabarcoding Versuche im Labor begonnen. Klassischerweise können einzelne Individuen durch Sequenzieren des CO1 Gens auf Artlevel genaustens bestimmt werden (siehe Projekt Artendiversität). Durch Erweitern dieser Methode durch modernste Hochdurchsatz-Sequenzierungs Techniken, können wir Hunderte Tiere aufeinmal identifizieren. Diese neue Technik wird uns auch helfen die Tiere, welche wir in […]

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Experiment erfolgreich beendet!

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Gestern haben wir das Mesokosmen-Experiment am Felderbach erfolgreich abgeschlossen. Bereits früh morgens haben wir alle Organismen, die Blattpakete sowie den Algenbewuchs standardisiert aus den Experimentalrinnen entnommen. Eine Übersicht über die Arbeit im Zeitraffervideo kann hier betrachtet werden: Bild 1: Die Algenbiomasse wird für jeden der 64 Channel sorgfältig konserviert. Bild 2: Für die Analyse der physiologischen […]

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Umweltstress bei Bachkrebsen

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Alle zwei Tage registrieren und untersuchen wir die Tiere, die unsere Experimentalrinnen verlassen. Die Tiere werden in Netzen unterhalb den Fließrinnen aufgefangen. Am Donnerstag hatten wir Dr. Daniel Grabner vom Lehrstuhl Aquatische Ökologie der Universität Duisburg-Essen zu Besuch. Er hat Bachflohkrebse gesammelt, um mit molekularen Methoden den physiologischen Stresslevel der Tiere als Antwort auf den […]

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Hauptphase Experiment

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Am Dienstag haben wir die manipulative Phase des Experiments gestartet. In den nächsten 4 Wochen testen wir den Einfluss von Salz- und Sedimenteintrag sowie verringerter Fließgeschwindigkeit auf die Artgemeinschaften in unseren Fließrinnen. Dabei wird der Einfluss der verschiedenen Faktoren einzeln sowie in allen Kombinationen getestet, um festzustellen, wie verschiedene Umweltbelastungen zusammen wirken. Bild 1: Andre […]

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Besiedlung mit Makrozoobenthos

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Vor wenigen Tagen haben wir mehrere Tausend Makrozoobenthos-Organismen aus dem Bach in die Experimentalrinnen eingebracht. Die Besiedlung mit zusätzlichen Organismen aus dem Bach ist wichtig, da nicht alle Organismen über die natürliche Drift in die Versuchsrinnen gelangen. Die wirbellosen Tiere wurden standardisiert gesammelt und randomisiert auf alle Experimentalrinnen verteilt. Erste Analysen in den vergangenen Tagen haben […]

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Experiment gestartet

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Nachdem wir den Aufbau des Experimentes vergangenes Wochenende abgeschlossen haben läuft seit Samstag (8.3.) die Besiedlungsphase der Experimentalrinnen. In die nächsten 3 Wochen werden sich Organismen aus dem Bach ansiedeln und die Mesokosmen mit Leben füllen. Im Anschluss an die Besiedlungsphase werden wir 4 Wochen lang den Einfluss verschiedener Faktoren auf die Biodiversität unter kontrollierten […]

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Der Aufbau Tag 2&3

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In den letzten zwei Tagen haben wir unermüdlich am Experimentaufbau gearbeitet, um bereits am Wochenende den wissenschaftlichen Betrieb zu starten. Bild 1: Damit das Wasser aus den Experimentalrinnen laufen kann haben wir 64 Löcher in die Planken gesägt. Bild 2: Das Substrat für die Rinnen wurde aus dem Sohlsubstrat des Felderbachs genommen und auf einer […]

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Experiment-Aufbau begonnen

ExStream

Heute haben wir begonnen das ExStream Meskosmon-Experiment am Felderbach (Hattingen, NRW) zu installieren. Das Basis-Gerüst wurde aufgebaut und die Pumpen angeschlossen. Noch diese Woche werden wir den Aufbau abschließen und ab nächsten Montag mit dem Experiment starten. Bild 1: Am ersten Aufbautag haben wir das für das Experiment notwendige Equipment zum Bach gebracht. Bild 2: Wir […]

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