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University of Duisburg and Essen, Aquatic Ecosystems Research Group, Universitätsstr. 5, D-45141 Essen, Germany

Vortrag Florian Altermatt

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Am Donnerstag, 6.2.2014 wird uns Dr. Florian Altermatt von der EAWAG (CH) besuchen. Im Rahmen seines Besuchs wird Florian einen öffentlichen Vortrag mit dem Titel „Diversity patterns and dispersal processes in riverine metacommunities“ innerhalb des Biodiversitätskolloquiums halten. Zeitpunkt: 16:15h Ort: ND 03/99 Alle Interessenten sind herzlich willkommen!   Zum Inhalt: Understanding the effect of spatial habitat […]

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iSEQ Symposium

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Am 13. Und 14. November fand in Leipzig das iSeq-Symposium zum Thema Methoden und Anwendungen des Next Generation Sequencings im Bereich der Evolutionsforschung statt, das vom  iDiv (http://www.idiv-biodiversity.de) organisiert wurde. Insgesamt haben über hundert Wissenschaftler/innen aus unterschiedlichen deutschen Universitäten an dem Symposium teilgenommen. Aus dem GeneStream Team haben Martina Weiss und Hannah Schweyen das Treffen […]

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Vortrag Uni Bielefeld

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Am Mittwoch war Florian an der Universität Bielefeld eingeladen, um im Rahmen der „Animal Behaviour and Evolution“ Seminarreihe über die Ergebnisse des GeneStream Projekts zu berichten und zu diskutieren.

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Fotoshooting: Metabarcoding

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Letzte Woche haben wir unsere Fließgewässertiere unkonventionell „in Szene“ gesetzt: Für die in Kürze anstehende Veröffentlichung unserer Metabarcoding-Ergebnisse wollen wir uns um das Cover Bild auf dem entsprechenden Journal bewerben. Dafür haben wir den ersten Schritt der Laborarbeit mit den Organismen – die Vorbereitung für die Homogenisation in flüssigem Stickstoff – fotografiert. Ein Beispiel ist […]

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DGL Tagung + Posterpreis

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Die DGL Tagung in Magdeburg ist vorbei. Neben zahlreichen spannenden Vorträgen und Posterbeiträgen bot die Tagung viele Möglichkeiten zum wissenschaftlichen Austausch mit alten und neuen Kollegen und Freunden. Besonders froh sind wir darüber, dass das Poster von Martina Weiss zur genetischen Diversität und Konnektivität von Gammarus fossarum als bestes wissenschaftliches Poster gekürt wurde. Herzlichen Glückwunsch! […]

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DGL Tagung Magdeburg

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Ab dem kommenden Sonntag findet für fünf Tage die Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Limnologie (DGL) in Magdeburg statt. Wir vom GeneStream Team sind mit sechs Personen, 5 Vorträgen und zwei Postern vertreten. Eine Konferenzsession zum Thema molekulare Biogeographie und Systematik wird am Montag, 30.9., gemeinsam von Steffen Pauls (BiK-F Frankfurt) und Florian Leese geleitet. […]

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Einladung Vortrag

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Morgen, Donnerstag 18.09.2014 haben wir um 14:00h im Seminarraum NDEF 05-152 einen Vortrag zum Thema „Effects of multiple stressors on stream structure and functioning„. Vortragende ist unserer Gast, Romana Salis (University of Otago). Gäste sind herzlich willkommen!

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International Realisation Budget

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Wir freuen uns, dass Vasco Elbrecht sich erfolgreich um das „International Realisation Budget“ der RUB Research School Plus bewerben konnte. Herzlichen Glückwunsch!Mit den eingeworbenen Mitteln werden internationale Kooperationspartner besucht und unsere Ergebnisse auf Konferenzen vorgestellt. Wir werden in diesem Blog ausführlich über diese Aktivitäten berichten.  

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Gast aus Neuseeland

(c) Romana Salis

Für zwei Wochen ist Romana Salis, eine Wissenschaftlerin aus der Gruppe unseres Kooperationspartners Prof. Christoph Matthaei (University of Otago, Neuseeland), bei uns in Bochum zu Besuch. Im Rahmen des Aufenthalts analysieren wir gemeinsam Daten zum Einfluss landwirtschaftlicher Stressoren auf die Biodiversität neuseeländischen Fließgewässer. Herzlich willkommen einmal mehr!!

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Zweite MiSeq Sequenzierung erfolgreich!

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Der zweite Sequenzierungslauf ist nun abgeschlossen. Wir testen in wie weit wir verschiedene Arten mit unserer entwickelten Methode sicher detektieren können. Die Laborarbeiten sind nun weitgehend abgeschlossen und die Daten werden über die nächsten Monate analysiert. Wir Planen die Ergebnisse gegen Ende des Jahres zu publizieren. Wir haben außerdem ein timelapse video zur Laborarbeit produziert. Abbildung […]

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Video: DNA Extraktion

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In diesem Video zeigen wir, wie die Proben verschiedenster Gewässertiere im Labor homogenisiert werden und wie aus diesen zusammen die DNA für das Metabarcoding gewonnen wird. Sobald das Gewebe zu einem feinen Pulver zermahlen ist, kann es weiter bearbeitet werden, um die DNA zu extrahieren. Anhand der DNA kann eine eindeutige Zuordnung der Arten erfolgen, sobald […]

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2. Metabarcoding die 2te

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Nachdem der erste Community Barcoding Versuch bereits geklappt hat und die Daten sehr vielversprechend aussehen, haben nun die Vorbereitungen für den zweiten Sequenzierungslauf begonnen. In diesem schauen wir, inwiefern wir die DNA von verschiedenen Arten in den Sequenzen wiederfinden wenn wir diese gemeinsam extrahieren. Dies ist wichtig, damit unsere Methode in großem Maßstab zur Identifizierung […]

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Benthosbeprobungen im Arnsberger Wald

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Im Rahmen des Teilprojektes zur Artenvielfalt wurde in den letzten drei Wochen die benthische (am Boden lebende) Fauna in Abschnitten der Kleinen Schmalenau, der Großen Schmalenau sowie einer Vielzahl von Zuflüssen beider Fließgewässer beprobt. Die gefundene Fauna aus den mehr als 20 Probestellen soll dabei helfen, das Vorkommen bestimmter Arten in den natürlichen und renaturierten […]

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Neues Video zum Feldexperiment 2014!

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Dieses Jahr haben wir unser Feldexperiment am Felderbach (Elfringhauser Schweiz, nahe Hattingen) aufgebaut. In diesem Video zeigen wir, wie wir die Fließrinnen vorbereitet haben, um den Lebensraum des Flusses  standardisiert aber gleichzeitig naturgetreu nachzubilden, so dass Insekten und andere Organismen die Rinnen besiedeln können. Foto 1: Alle Experimentalrinnen wurden mit der gleichen Menge Substrat gefüllt. […]

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MiSeq Sequenzierung klappt!

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Heute haben wir die ersten Sequenzen zum community barcoding erhalten. Mit einem MiSeq Sequenzierer haben wir über 32 Millionen Sequenzen generieren können. Nun werden wir die 20 GB Daten über die nächsten Wochen zu analysieren Und anschließend die Technik im großen Maßstab anwenden. Foto 1: Ein erster Blick auf die Sequenzen zeigt, dass diese von […]

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Artikel GeneStream Projekt

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Gerade ist im Wissenschaftsmagazin der Ruhr-Universität, RUBIN, ein kurzer Artikel zum GeneStream Projekt erschienen. In dem Artikel wird insbesondere das große Mesokosmos-Experiment am Felderbach im Jahr 2014 dargestellt. Hier geht es zu dem Beitrag sowie zusätzlichen Informationen: http://rubin.rub.de/de/artenvielfalt-auf-dem-rueckmarsch http://rubin.rub.de/en/biodiversity-decline

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JASM Konferenz in Portland

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Ein Teil des GeneStream Teams befindet sich zur Zeit in Portland (Oregon, USA) auf dem großen JOINT AQUATIC SCIENCES MEETING. Hier stellen wir neue wissenschaftliche Ergebnisse in drei Vorträgen und mit einem Poster vor. Gleichzeitig ist die Tagung ideal, um mit unseren vielen Kooperationspartnern und Freunden laufende und künftige Projekte zu besprechen. Auf der Tagung mit […]

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Welttag der Biodiversität

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Ein kurzer Beitrag zur Bedeutung von Biodiversität für den Menschen ist im Kontext des Welttags der Biodiversität HIER zu lesen.         Foto: Julia Weiler (RUB)

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Kooperation mit dem Leibniz-Institut für Gewässerökologie und Binnenfischerei (IGB)

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In Zusammenarbeit mit dem Dr. Xavier-François Garcia vom Leibniz-Institut für Gewässerökologie und Binnenfischerei (IGB, Berlin) werden im Rahmen des Projektes zur Artenvielfalt die Zuckmücken (Chironomidae) vom Breitenbach aus den Jahren 2013 und 2014 untersucht. Als einer der wenigen taxonomischen Experten für Chironomiden überhaupt, wird Dr. Xavier-François Garcia alle Männchen der knapp 6000 gefangenen Zuckmücken morphologisch bis zur […]

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Neue Veröffentlichung

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Aktuell ist eine neue Forschungsarbeit in der Zeitschrift „Freshwater Biology“ unter Beteiligung von dem GeneStream Team erschienen. Hauptautor der Arbeit ist unser Kooperationspartner Steffen Pauls vom Biodiversität und Klimaforschungszentrum (Frankfurt a.M.). In der Arbeit wird das Potenzial neuer molekularer Methoden für die aquatische Ökologie aufgezeigt. SU Pauls, M Alp, M Bálint, P Bernabò, F Čiampor […]

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Emergenzfallen an der Kleinen Schmalenau

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Im März haben wir drei große Emergenzfallen gebaut, um die Artenvielfalt in Fließgewässern quantitativ zu erfassen. Diese Fallen wurden nach einer Ortsbegehung mit Vertretern vom Lehr- und Versuchsforstamt Arnsberger Wald sowie der Arbeitsgemeinschaft Biologischer Umweltschutz, Kreis Soest (ABU) letzte Woche an der Kleinen Schmalenau (NRW) in Betrieb genommen. Genau wie im Vorjahr am Breitenbach (s. Emergenzfalle Breitenbach) […]

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Laborarbeit begonnen!

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In der vergangenen Woche haben die ersten Metabarcoding Versuche im Labor begonnen. Klassischerweise können einzelne Individuen durch Sequenzieren des CO1 Gens auf Artlevel genaustens bestimmt werden (siehe Projekt Artendiversität). Durch Erweitern dieser Methode durch modernste Hochdurchsatz-Sequenzierungs Techniken, können wir Hunderte Tiere aufeinmal identifizieren. Diese neue Technik wird uns auch helfen die Tiere, welche wir in […]

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Experiment erfolgreich beendet!

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Gestern haben wir das Mesokosmen-Experiment am Felderbach erfolgreich abgeschlossen. Bereits früh morgens haben wir alle Organismen, die Blattpakete sowie den Algenbewuchs standardisiert aus den Experimentalrinnen entnommen. Eine Übersicht über die Arbeit im Zeitraffervideo kann hier betrachtet werden: Bild 1: Die Algenbiomasse wird für jeden der 64 Channel sorgfältig konserviert. Bild 2: Für die Analyse der physiologischen […]

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Umweltstress bei Bachkrebsen

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Alle zwei Tage registrieren und untersuchen wir die Tiere, die unsere Experimentalrinnen verlassen. Die Tiere werden in Netzen unterhalb den Fließrinnen aufgefangen. Am Donnerstag hatten wir Dr. Daniel Grabner vom Lehrstuhl Aquatische Ökologie der Universität Duisburg-Essen zu Besuch. Er hat Bachflohkrebse gesammelt, um mit molekularen Methoden den physiologischen Stresslevel der Tiere als Antwort auf den […]

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Beprobungsphase Sauerland

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Aktuell läuft die finale Sammeltour für das Populationsgenomik-Projekt. Hannah Schweyen, Martina Weiss und weitere Mitglieder des Teams beproben Populationen verschiedener Fließwasserorganismen, welche über Jahrzehnte bzw. Jahrhunderte unterschiedlichen Stressbedingungen ausgesetzt waren ebenso wie unbeeinflusste Populationen. Im Labor wird anschließend untersucht, welchen Einfluss die anthropogenen Stressoren auf die genetische Diversität, die Konnektivität und die Anpassungsfähigkeit der Organismen […]

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