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University of Duisburg and Essen, Aquatic Ecosystems Research Group, Universitätsstr. 5, D-45141 Essen, Germany

Laborzuwachs: Gewebehomogenisator für Metabarcoding

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Mit der  DNA-Metabarcoding Technik können hunderte Individuen in Invertebratenproben auf einmal auf Artlevel bestimmt werden. Diese molekulare Methode besitzt großes Potenzial für die Gewässerbewertung. Wir konnten bereits zeigen, dass die Homogenisation des Gewebes besonders wichtig ist. Für unsere zukünftigen Proben haben wir daher einen neuen Gewebe-Homogenisator für das Labor angeschafft, welcher die Bearbeitung der Proben […]

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SWS meeting 2015!

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Auch auf der SWS Konferenz 2015 (Providence, Rhode Island, US) haben wir unsere Ergebnisse vorgestellt. Vasco hatte zudem die Gelegenheit sich vor allem mit Kollegen von der Universität Guelph über aktuelle Metabarcoding- Vorhaben und Ergebnisse auszutauschen. Wir bedanken uns bei der Rub Research School Plus für die Finanzierung dieses Aufenthalts. Video: Die auf der Konferenz vorgestellten Inhalte sind in […]

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Crashkurs in Science Communication

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Wissenschaftsergebnisse zu kommunizieren ist eine wichtige Sache. Vasco Elbrecht hat sich mit Eric Francavilla getroffen, um mehr über Wissenschaftskommunikation zu lernen. Eric Francavilla arbeitet mit einer Vielzahl von Wissenschaftlern des Pacific Northwest National Laboratory in Richland, Washington zusammen, und fungiert als Schnittstelle zwischen den öffentlichen Medien und Wissenschaftlern. Genau wie das GeneStream-Team, produziert er eine Vielzahl von YouTube […]

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eLearning Preis gewonnen!

5x5000 Preis

Wir freuen uns, dass das eLearning Projekt „Blended Genome“  von Vasco Elbrecht und Florian Leese die studentische Jury des 5×5000 Wettbewerbs überzeugen konnte und nun mit 5000 € gefördert wird. In Online-Videotutorials und weiteren „hands-on“-Übungen an der Universität vermitteln wir den Umgang mit Next-Generation-Sequencing-Daten. Die ersten Videos stehen auf YouTube bereits zur Verfügung. Foto: Die Preisträger vom […]

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Zweite MiSeq Sequenzierung erfolgreich!

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Der zweite Sequenzierungslauf ist nun abgeschlossen. Wir testen in wie weit wir verschiedene Arten mit unserer entwickelten Methode sicher detektieren können. Die Laborarbeiten sind nun weitgehend abgeschlossen und die Daten werden über die nächsten Monate analysiert. Wir Planen die Ergebnisse gegen Ende des Jahres zu publizieren. Wir haben außerdem ein timelapse video zur Laborarbeit produziert. Abbildung […]

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Video: DNA Extraktion

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In diesem Video zeigen wir, wie die Proben verschiedenster Gewässertiere im Labor homogenisiert werden und wie aus diesen zusammen die DNA für das Metabarcoding gewonnen wird. Sobald das Gewebe zu einem feinen Pulver zermahlen ist, kann es weiter bearbeitet werden, um die DNA zu extrahieren. Anhand der DNA kann eine eindeutige Zuordnung der Arten erfolgen, sobald […]

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Neues Video zum Feldexperiment 2014!

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Dieses Jahr haben wir unser Feldexperiment am Felderbach (Elfringhauser Schweiz, nahe Hattingen) aufgebaut. In diesem Video zeigen wir, wie wir die Fließrinnen vorbereitet haben, um den Lebensraum des Flusses  standardisiert aber gleichzeitig naturgetreu nachzubilden, so dass Insekten und andere Organismen die Rinnen besiedeln können. Foto 1: Alle Experimentalrinnen wurden mit der gleichen Menge Substrat gefüllt. […]

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Experiment erfolgreich beendet!

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Gestern haben wir das Mesokosmen-Experiment am Felderbach erfolgreich abgeschlossen. Bereits früh morgens haben wir alle Organismen, die Blattpakete sowie den Algenbewuchs standardisiert aus den Experimentalrinnen entnommen. Eine Übersicht über die Arbeit im Zeitraffervideo kann hier betrachtet werden: Bild 1: Die Algenbiomasse wird für jeden der 64 Channel sorgfältig konserviert. Bild 2: Für die Analyse der physiologischen […]

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Tag 4 des Aufbaus

Der vierte Tag des Aufbaus

Hier ist der Aufbau am 4. Tag im Zeitraffer zu sehen.

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